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海军方面一直在进行出征前的训练和相关部署，根据联合舰队整编方案，海军方面从现有船只中抽调出战船85艘编入联合舰队的常备舰队，包括福船、楼船、苍船、三桅炮船等原吴淞水师的全部主力战船。
余下42艘大小战船（含破旧维护）则充为警备舰队，负责近海防护、长江水道的保障及商船护送任务，并根据魏公公“军民两用”的要求，警备舰队还承担近海救援、抢险救灾等非战斗任务，并定期组织沿海渔船、商船做一些针对性的演练，包括新兵的训练、民兵的组织。
到目前为止，大明皇家海军兵员组成仍以原吴淞水营为主，官兵人等共计4260余。整编为联合舰队常备舰队的官兵共计3000人，装备了各式轻重火炮200余门，其余火器、水雷、火龙若干。
莫看官兵人数不多，但实力却是强悍，因为是实打实的满编，因而魏公公听说福建方面竟然动员舟师上万，当时就断定福建方面在吹牛，那个姓黄的巡抚是在往自己脸上贴金。目的无外乎是战后分果果，而那个黄承玄是浙党出身，所以也可以认为这是浙党方面在夸大实力，为将来的战利品分割做筹码。
公公可不是那种眼光短浅之辈，他若贪小利，也不会拉着浙党一起出海了。公公深知，伟大的海事大业不可能由他一个人完成，他一个人再有本事，终究有力不及的时候。而中国自古以来有一点最坏，那就是因人成事，也因人坏事。
好比韩信成也萧何，败也萧何。公公希望沿海的士绅商人们都能主动投身海事大业，如欧州般人人下海，这样才能形成一个举国思维，一个举国体系。大明已经落后这个航海时代，如果不举国投入，单靠魏公公自己是很难赶上超过那些西洋白人的。
很有可能公公眼下闹的欢，可等哪一天他咯屁之后，就要拉清单了。因此，公公不介意别人打他的主意，想多占些东西，多得些利益。他鼓励这种想法，因为只有贪图利益，才能不断进取。贪婪有时候未必是缺点，反而是优点。人类社会的进步，不就是因为想过的更好么。
莫说浙党和那些暗地里都是帮海盗的沿海世族豪强了，就是东林党，魏公公都乐意和他们携手并进。
总之，公公不怕你们贪，不怕你们要，就怕你们不贪不要。只要你们能把海贸做大，让老百姓跟着沾光，公公就打心眼里高兴。这世间，就是那么奇怪，如果当官的都是清官的话，老百姓要骂娘的。原因无它，清官多不干事，干事则多贪官。
浙江和福建兵马实力，公公门清。福建那边不去说它，吹就吹吧。浙江这边，吹也得有底气啊，公公可是亲自带兵扫荡过定海卫的。
说句不客气的话，这年头甭管是沿海还是九边，哪个带兵的能像魏公公这般重视军队建设呢。就公公手头现有兵水陆兵马，恐怕都能独当一镇，单论战斗力的话，甚至都能和兵力最多（定额八万九千，实有兵四万余）的辽东镇一较高低。
当然，这也是托了魏公公是宫中出来的福，只向皇帝一人负责，不受体制限制，又能搞来大钱，这官兵素质和装备就肯定到位。若不然上面拨一百两军费，层层漂没下来就余二十两，公公就是有天大的本事也得和那巧妇一样，为无米之炊头疼，最终得过且过，只把家丁养好就行。
联合舰队方案是公公精心设计的，他希望通过联合舰队这个“临时”性的军事编制把浙江、福建的兵马拢在一起，继而打造一个沿海军事集团，最终依托这个军事集团占领东亚、东南亚，和西洋人一决高低。
公公很庆幸，他来的是万历晚期，如果是万历中早期，这个设想就不可能实现。得万历信任太监的福，只要他年年有孝敬，年年往内廷运银子，万历驾崩之前，没有人能把他魏公公扳倒。
而且，朝政上对魏公公今后的发展也有一个利好消息。那就是浙党出身的方从哲将取代东林党出身的叶向高领导大明帝国这艘大船。有个浙党的首辅在，公公和浙党方面的合作肯定没有问题。哪怕是贵为首辅，方从哲也不可能背叛他的出身。
按照公公自个拟的联合舰队整编方案，舰队将设司令部及司令长官、补佐幕僚、参谋长、参谋副长、首席参谋等职司。这是个完全后世，甚至可以说是现代化的海军编组方案。如果完全以公公的整编方案建设大海军，未来大明帝国的联合舰队一定能傲视全球。
可惜的是，因尚未和浙江、福建水师会合，三方也没有进行军事层面上的磨合，所以这个整编方案目前也只是纸面上的东西。而在浙江和福建将领来看，这个劳什子联合舰队不过就是把原来的把总换个头衔叫炮术参谋、原来的旗手改个名叫航海参谋，原来的参将叫参谋长，原来的总兵官便是司令长官......
但不管浙江和福建那边到底如何看待这个联合舰队，对于公公给出的整编方案上不上心，有没有完全按照这个整编方案整顿他们的水师，公公这边反正是投入心血的。
联合舰队整编方案的核心其实就是参谋作业，不难发现，参谋这个职司在舰队官制中占了很大比例。而早在吴淞水营改编为大明皇家海军时，魏公公就组建了参谋司。
在参谋作业这一块，他老人家真的十分重视，早早就安排参谋司的蒋西凤从军中及民间挑选招募识字的年轻人，开办参谋作业班，进行各式参谋作业的培养，如制图参谋、航海参谋、水雷参谋、联络参谋、机关参谋、后勤参谋等。
这些参谋们平均年龄只有25岁，最小的只有16岁，但是其中有功名的寥寥无几，只有两个在苏州店铺当伙计的童生。
参谋司前前后后一共办了三次训练班，共为皇军培养了参谋学员268名，虽然这些参谋学员所学和后世的参谋人员相比有很大的落后性，但相对于这个时代却是先进且优秀的多了。
为了让这些参谋学员能够更好的将所学应用于实践之中，公公北上之时便带了第一批的学员，途中进行考核，根据各自成绩打分以便进行分配。辽东宽奠扫击战时，又有参谋学员数十名随军，经历了大大小小的战争考验，如今随着海军、陆军的正式成立，这些学员们便正式成为皇军一员，从普通一兵晋升为总旗、小旗衔。
蒋西凤主持了学员分配，其中被分到联合舰队的参谋学员有120人，余下148人被分在陆军，近卫师团分得95人，台湾警备师团则分得53人。
本来蒋西凤觉得台湾警备师团只是乙等师团，而且现在整个师团才三千多人，那些师团长、联队长不少人都告假回家乡招兵去了，加上这个台湾警备师团的将领都是魏公公的亲朋好友，所以怎么看这个师团都是个三流部队，因此好不容易培养出来的参谋人材应当优先分配在甲等师团。
可魏公公不干啊，是，台湾警备师团是他老人家的三大姑七大姨组成的，看起来跟个家族企业似的，可正因为如此，才要加强台湾警备师团的战斗能力啊。而且，谁告诉你蒋西凤咱家这个台湾警备师团永远就是乙等师团了。在魏公公的坚决反对下，蒋西凤这才不得不派了53名学员补入台湾警备师团。
联合舰队中的参谋学员，官职最高的是机关参谋，官职最低的是政务参谋。陆军方面，则全部分配在大队、中队一级，因陆军是师团制，只有师团一级设有参谋长，加之学员们年纪和资历都不足，因而按魏公公的意思，全部担任大队、中队一级的作战参谋，协助主官进行军事训练、战时负责通信、制图、后勤等事务。
这也算是从小做起，慢慢磨练，不出意外的话，将来这一批作战参谋中一定会踊出无数将星。
为了统一海陆两军的指挥权，魏公公已正式将自己提督海事太监所在本部命名为大明皇帝亲军指挥本部，简称大本营。大本营下设海军参谋本部，陆军参谋总部，各总部又下设军事作战司、通信联络司、后勤审计司、兵要地志司、文书谍报司等一系列军事机构。
根据大本营发布的“甲寅皇军二号训令”表明，联合舰队之常备舰队、警备舰队；陆军之甲等师团、乙等师团完全归于亲军指挥本部统一指挥。
联合舰队司令长官人选暂时空出，皇家海军之常备舰队由总兵官王大力担任，接魏公公令后，王大力立时组织海军上下检修战船，补充淡水、粮食，随时做好升帆远航准备。
陆军方面，郑铎率领第一旅团三个联队随海军前往福建中左所，为近卫师团主力开拔做准备。
当日，魏公公亲率陆海两军将领往码头送行，赋诗曰：“赤壁一战乾坤转，东风送我第一船！”
皇明兴废，在此一举。